《百年孤独》是魔幻现实主义的代表之作，也是整个现代派文学的经典之一，甚至堪称是当代世界文坛最伟大的作品。
许多年之后，面对行刑队，奥雷良诺·布恩地亚上校将会回想起，他父亲带他去见识冰块的那个遥远的下午。
这时的马贡多还是一片崭新的天地，这里的许多东西连名字都没有。每年3月，这里总会涌来一伙吉卜赛人，他们搭起帐篷，吵吵嚷嚷地向村民们介绍外面世界的新发明，这些人当中包括墨尔基阿德斯，他带来了一块磁铁，称是马其顿炼金术士们创造的世界第八大奇迹。他拽着磁铁挨家挨户走着，村民们惊异地发现，那些铁盆、铁钳等东西纷纷从原地落下，木板里的铁钉也因为拼命想挣脱出来而嘎嘎作响，他们成群结队地跟在墨尔基阿德斯后面乱滚。
霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚认为可以用磁铁来从地底下吸出金子来，就像吸出铁来一样，于是不顾妻子的阻拦，用一群家畜换来了磁铁，开始了他毫无结果的“吸金”活动。
墨尔基阿德斯后来还送给了霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚一间炼金试验室。霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚花了大量时间，将铜屑、硫黄、雄黄、铅等还有他费尽心机从妻子乌苏拉那儿哄到的30枚金币放到一起熔炼，结果，这些珍贵的金币成了粘在锅底抠都抠不下来的锅巴。
这一切让他的妻子、沉默而坚强的乌苏拉难以容忍，当她正准备反击时，吉卜赛人又来了，这次他们带来的玩意儿更加可怕：本来早已经老态龙钟的墨尔基阿德斯，这次竟然变成了一个充满朝气的年轻人！原来没有一颗牙齿的口里也有了满口新牙。更令霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚惊奇的是，当墨尔基阿德斯将口里的牙齿——原来是假牙——取出时立即就变回了原来的糟老头子。
这时候的霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚已经有两个儿子了，大儿子霍塞·阿卡迪奥14岁，小儿子奥雷良诺6岁，他是创立马贡多后出生的第一个孩子，也是本书开头那个面对行刑队的人，他好静而孤僻，却有某些奇能。
在所有吉卜赛人的新玩意儿中，霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚最迷的是冰块，当他从来没有接触过冰块的手放到上面时，他大声宣布：“这是我们时代最伟大的发明。”
这时候村子里有一个轻佻、满嘴脏话、同无数个男人睡过觉的女人，名叫庇拉·特内拉，她用纸牌算命，看自己要和哪个男人睡觉，她发现了强壮如牛的霍塞·阿卡迪奥已经成熟后，不久就把他拉上了床。初尝性事的霍塞·阿卡迪奥立即被迷住了，还将与庇拉·特内拉之间的性事秘密全都告诉了弟弟奥雷良诺。
乌苏拉又怀孕了，在1月的某个星期四的凌晨两点，阿玛兰塔出生了，乌苏拉在别人能够看到之前小心地看了看，虽然瘦得像条小蜥蜴，但还是个正常孩子，没有猪尾巴。
这时候，另一条小生命也快要降生了，庇拉·特内拉告诉霍塞·阿卡迪奥：“你就要有儿子了。”这使得他陷入烦恼之中，他开始躲开庇拉·特内拉。
就在乌苏拉生下孩子40天左右，另一群吉卜赛人来了，他们带来了会在天上飞翔的毯子和将人变成蛇。霍塞·阿卡迪奥喜欢上了这里一个美丽而纤弱的吉卜赛姑娘，他在遇到她的第一天就同她上了床，然后跟着她走了。
霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚对儿子的出走一点也不急，乌苏拉只好自己去找，结果也失踪了。
这时候霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚的试验室里发生了怪事：一根试管突然重得无法搬动、工作台上的水自己就沸腾起来、阿玛兰塔的摇篮自己在屋子里兜起圈子来，等等。这让霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚父子高兴万分，认为是新物质诞生的征兆。
乌苏拉一脸平静地回来了，跟在后面的是同马贡多人一样的人：他们来自大沼泽另一面，距马贡多只有两天路的市镇，那里的人们每月都能收到信件，能看到造福于人类的机器。
庇拉·特内拉的孩子生下两个星期后被送到了霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚家里，因为他不愿意自己的苗裔在外漂泊，这个孩子被取了他父亲同样的名字霍塞·阿卡迪奥，为了避免混淆，大家只叫他阿卡迪奥。
这时候，外面的文明世界已经迅速占领了马贡多，这里成了一个繁华的市镇。
一个星期天，雷蓓卡来了，她是个11岁的孤儿，她带来了她父母的遗骨和一封言辞恳切的信，声称她是霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚的远房亲戚的孩子，并请求他们照顾这可怜的孤儿。
雷蓓卡开始时是一个健康状态不佳的胆怯的孩子，她父母的骨殖很长一段时间里到处作祟，常常自己在大家意想不到的地方出现，并且像生蛋母鸡似的“咯咯咯”乱响。更可怕的是，雷蓓卡还有吃土的恶习，她靠吃土来维持生命。但通过乌苏拉的大力教训，她终于变正常了，成了一个能干的讨人喜欢的孩子和霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚家的一员。
然而，他们不知道，雷蓓卡已经患上了失眠症！
不久，失眠症显示了它可怕的威力，先是霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚一家，然后是整个马贡多人都患上了失眠症。一开始，大家都认为没什么，他们夜以继日地干活，然而不久所有的活都干完了。他们变得无聊透了。更可怕的是，随着失眠症而来的是健忘症，他们慢慢地忘掉了日常用品的名字，忘掉了最熟悉的童年往事。不久他们不得不在所有的东西上贴张纸条，上面写了这东西的名称和用途，如在牛身上贴了这样的条子：“这是牛，每天早晨应挤奶以生产牛奶，牛奶应在煮沸后加入咖啡，配制牛奶咖啡。”
然而，他们也知道这一切只是暂时的，他们迟早会连文字的意义也忘掉。
直到有一天，霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚家里来了一个衰朽的老人，他从随身携带的装满怪东西的箱子里倒了一些液体给霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚喝，霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚的记忆豁然开朗，立即认出了老人就是墨尔基阿德斯。
墨尔基阿德斯曾经遭遇过死神，由于不能忍受阴间的寂寞又重返人间，他决定在马贡多定居。这时候，由于他忠实于生活，遭到部落唾弃，并被剥夺了一切超人的神力。他跑到马贡多这个死神尚未光临过的地方来隐居。他在这里建起了一个铜版摄影室，不用说马贡多的人们第一次看到照片时有多么惊奇。
奥雷良诺现在在干银匠活，他技艺高超，工作室就与墨尔基阿德斯的试验室合在一块。
但他在人事上仍然一窍不通。一天，马贡多来了一个近两百岁的游吟歌手，他曾经与魔鬼对歌并击败了他。同来的还有一个老太婆，她带来了自己的孙女，以20个生伏太一次供男人们发泄。奥雷良诺也稀里糊涂地进去了，他得知这个可怜的瘦骨嶙峋的小女孩，以20生伏太的价格，每天接70个客人也要10年才还得清她欠的所谓的债！虽然他们两个再三努力，奥雷良诺也没有干成事，他心里直想哭，准备打一辈子光棍。
这时候乌苏拉正在振兴着这个家，她靠糖制品买卖挣了不少钱，决定大兴土木，建筑一座马贡多前所未有的大房子。
不久老房子里到处堆满工具，更热闹了，连雷蓓卡的父母的骨殖袋也不失时机地来凑热闹，到处“咯咯咯”地跟着工人们，令他们心烦意乱。
有一天，当房屋行将竣工时，马贡多来了一位镇长，他命令村民们将所有房子涂成蓝色而不是他们一向喜欢的白色。
这镇长的出现是马贡多剧变的开始。
奥雷良诺心里开始躁动不安了，因为他看见了镇长如天使一般美丽的小女儿雷梅苔丝。
乌苏拉洁白巨大的房子终于落成了，她用马贡多人从来没有过的各种豪华的东西装备着它，其中包括一架自动钢琴，它能够自己按着乐谱弹奏。为了安装这个新奇玩意儿，克雷斯庇来了，他是马贡多的姑娘们从来没有见过的最漂亮、最有教养的男子，他还教雷蓓卡和阿玛兰塔跟着钢琴的节拍跳舞。结果，雷蓓卡和阿玛兰塔都爱上了他，爱得如醉如痴。
现在，霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚的家里充满了一样新奇的东西——爱情，它像空气一样到处弥漫。
就在年轻人们忙于恋爱时，墨尔基阿德斯正在迅速地走向死亡。他不知年岁，已经衰朽不堪，甚至于死过若干回，但这次他真的死了，死于水中。霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚按照他死前的话，在他的尸体旁边烧了三天水银，直到他的尸体上起了紫斑发臭，才以最隆重的仪式安葬。
由于克雷斯庇选择与蕾蓓卡订婚，阿玛兰塔气得发疯，乌苏拉决定带她出去旅行找对象，她们一走，房间顿时空了，墨尔基阿德斯的幽灵便成天在房间里转悠，而霍塞·阿卡迪奥·布恩地亚也进入了一个幻想世界，终于完全疯了，奥雷良诺找了马贡多最强壮的20个男人才将他制服，捆绑在院子里的栗树下。乌苏拉回来时他已经认不出她来了，她在他头上搭了个棚子，阻隔日晒雨淋。
一个星期天，奥雷良诺与雷梅苔丝举行了婚礼，婚后她立即得到了布恩地亚全家人的热爱，她勤劳、孝顺、充满爱心。来替她主持婚礼的是一个远方来的牧师雷依纳神父，他看到马贡多的人们竟然不施行洗礼，连教堂都没有，大为愤怒，决定在这里兴建一座全世界最大的教堂。为了表现出神的伟力，他在马贡多人面前喝下一杯热巧克力，使自己双脚离地十五厘米。马贡多人被他的神力折服了，纷纷捐款，他的教堂开工了，进展迅速。
克雷斯庇和雷蓓卡原来准备等教堂一完工就举行婚礼，但雷梅苔丝的死却使婚礼无限期地推迟下去了。雷梅苔丝是这样死的：她的内脏像打嗝似的撕裂，一股热乎乎的液汁喷了出来。
一天，一阵地震似的声音传来，一个可怕的巨人，他的脚步踩在地上发出隆隆巨响，径直走了进来，这就是失踪了好多年的霍塞·阿卡迪奥。他曾经的历险是一部恐怖的传奇，他环球航行过65圈，曾经靠吃同伴盐腌的尸体活了下来。住在家里后，他打鼾的声音有如雷鸣，呼吸有如火山爆发，他靠在外面与女人干那事儿并收她们的钱厮混过日子。家里的女人都不喜欢他，只有雷蓓卡，他那山岳一样庞大和猛兽一样强壮的体魄使她意乱情迷，比起他来，克雷斯庇是只可怜的小鸡。有一天，她不知不觉地走到了正睡午觉的霍塞·阿卡迪奥面前，三天后他们就结婚了。但乌苏拉认为这对兄妹结婚是大逆不道，她不允许他们再踏进家门，他们俩便在墓地对面租了间小屋，他们的邻居从此倒霉了，他们叫床的声音响彻云霄，夜里要吵醒邻居们八次，白天午睡时还有三次。
不过这些已经不重要了，一件更重要的事浮现了，这就是大选。
这时候哥伦比亚正面临着执政的保守党和在野的自由党之间的激烈纷争，不久战争爆发了。
一天拂晓前，一队士兵由上尉带着悄悄来到马贡多，从此成了这里的统治者，每天都要到镇民们家里征税，还命令四个士兵冲进一个被疯狗咬伤的女人家里，将她拖出来当街用枪托砸死。
一天晚上，在与岳父玩牌玩到夜里九点后，奥雷良诺走到了一个同伴马尔克斯家，对他说：“你将年轻人组织起来，我们要打仗了。”
深夜，21名年轻人由奥雷良诺指挥，突然攻占了兵营，夺取了武器，并在院子里将那个上尉和砸死妇女的四个士兵枪毙了。
天亮后，奥雷良诺任命此前已经担任了马贡多第一所学校校长的阿卡迪奥为镇子的行政和军事首脑，然后带领他的士兵们与起义的革命军将领会师去了。
霍塞·阿卡迪奥成为镇子首脑后，读了几张报纸，就开始执政了，不久便成了马贡多有史以来最残暴的统治者，直到有一天乌苏拉扑过来狠揍了他一顿为止。
此前，阿卡迪奥像他的父亲霍塞·阿卡迪奥以及奥雷良诺一样，对庇拉·特内拉产生了扼制不住的欲望——他从来不知道庇拉·特内拉就是他亲生的母亲，可怜的庇拉·特内拉从来都不敢说，虽然她天天在乌苏拉的屋子里出入，但从来都不曾说过。庇拉·特内拉只得要他在晚上等她，她用尽平生所有的积蓄，将一个处女送上了儿子的床。当他成为镇子的新首脑时已经与那个处女有了个女儿。
他的掠夺还没有停止，他与父亲霍塞·阿卡迪奥合谋，对马贡多进行了空前贪婪的掠夺。直到有一天，大批政府军冲来将马贡多占领为止，阿卡迪奥投降被俘了，随后被处死。
乌苏拉从政府公告上得知，自由党的武装起义已经失败了，奥雷良诺已经被俘虏，并要被押回马贡多来枪毙。奥雷良诺一生有多次面临死亡，但他都事前有强烈的预感，因而逃脱了死神。
这时候政府军的军官们也在犹豫着、争论着，到底由谁来担负枪毙的差使。因为有一种甚嚣尘上的传言：枪毙奥雷良诺·布恩地亚上校的人即使逃到天涯海角也要被杀死。
这天清晨，上尉带着行刑队往公墓那边走去。奥雷良诺面对行刑队的枪口时，他闭上眼睛，仿佛看到了多年前的那个下午，父亲带他在吉卜赛人的帐篷里看见了冰。
霍塞·阿卡迪奥出现了，手里执着猎枪，上尉高兴地大喊了一声上帝，立即释放了奥雷良诺——他的正式称呼早就是奥雷良诺·布恩地亚上校了。行刑队一起加入了上校的队伍，他们前去营救正要被政府军枪毙的革命军将领，但当他们到达时，将军已经被枪毙了，于是奥雷良诺被推举为革命军总司令。
从此，有关他的传说更多了，政府公告一会说他被枪毙，一会又说他在某个地方举行了起义，这样天天变来变去，使得他好像不停地重生，不停在出现在每个地方。
最后确切的消息是，奥雷良诺·布恩地亚上校统领装备精良的两千多名土著人占领了战略要地里奥阿查，在那里建立了大本营。三个月后，他胜利开进马贡多。这时候他与庇拉·特内拉生的孩子奥雷良诺·霍塞已经长得和父亲一样高大了。
奥雷良诺·布恩地亚上校回来后，霍塞·阿卡迪奥仍然享用着他在阿卡迪奥执政时霸占的土地，不过他的好日子并没有持续多久，就发生了一件，也是唯一的一件马贡多从来没有查明原因的事。一天，当霍塞·阿卡迪奥刚关上门，一声枪响，震动了整幢房子。
一股鲜血从门下流出，流过客厅，流出家门淌到街上，在高低不平的人行道上一直向前流，流下台阶，漫上石栏，沿着土耳其人大街流去。先向左，再向右拐了个弯，接着朝布恩地亚家拐了一个直角，从关闭的门下流进去，为了不弄脏地毯，就挨着墙角，穿过会客室，又穿过一间屋子，划了一个大弧线绕过饭桌，急急地穿过海棠花长廊，从正在给奥雷良诺·霍塞上算术课的阿玛兰塔的椅子下偷偷流过，渗进谷仓，最后流到厨房里，那儿乌苏拉正预备打36只鸡蛋做面包。
可后来却无论如何也不明白他是怎么死的，因为他身上没有任何伤口。他被安葬时，大家用尽了办法也不能清除他身上那股刺鼻的火药味，甚至用文火和香料煮了整整一天也不行。尸体被装进一具特制的封得严严实实的棺材里，还在他墓地周围砌了一堵墙，然而种种方法都不能阻隔那散发出来的火药味，直到多年以后，香蕉公司的工程师给坟包又加了一层混凝土，那气味才终于止住。