占领长安后不久，黄巢派出了他的得力干将率军攻打东南的邓州（今河南南阳境内），从而打通长安通往荆襄地区的路线，控制帝国的东南方向。

这位得力干将，就是随同黄巢南征北战的亲信——朱温。

自从黄巢起兵后，朱温就加入了黄巢的队伍，随同黄巢转战大江南北。这时将东南战场交给朱温来指挥，黄巢很放心。而朱温也不负众望，在邓州取得大胜。

而在长安西边，挂名凤翔节度使的宰相郑畋也在纠集兵马，时刻准备着反攻长安。黄巢派了他另一位心腹干将尚让率军五万出击。这一路军队人马众多，照理说不是什么问题。可是没想到，这路军队在龙尾陂遭到了郑畋的迎头痛击，大败而回。

这场战役中，一个叫宋文通的军将崭露头角。是他率领唐军大破尚让的主力。宋文通在之后将会成为帝国西北的一颗巨星，他得到天子的赐姓，有了一个更响亮的名字——李茂贞。

龙尾陂之败让整个关中的形势发生了逆转。关中地区原本向黄巢低头的藩镇开始转变态度，重新回到了唐廷的阵营。郑畋整合泾原、邠宁、鄜坊等地的各路军队，开始向长安进军。

广明二年（公元881年）四月，各路唐军逼近了长安城。黄巢的“齐军”似乎抵挡不住，开始向长安东边撤退。

最先入城的，是唐将程宗楚率领的泾原军。他们从延秋门趁夜入城，随后是朔方军、兴元军。听说唐军入城，经受了黄巢四个月洗劫的长安百姓们欢呼雀跃起来，纷纷出门箪食壶浆地欢迎王师归来。有的百姓还爬上房顶，用瓦砾丢向败退“齐军”的屁股，有的则在地上收拾箭头，提供给官军。

但是，入城之后的唐军没有继续乘胜追击，也没有向总指挥官郑畋报告，他们径自丢下武器，开始冲入居民宅邸，抢夺金帛，掠取妓妾，四处搜刮黄巢留下的战利品。千疮百孔的长安城重新陷入一片混乱。

此时城中诸路官军互不联系，就这样乱糟糟地在城中四处乱窜。这种混乱的场面，郑畋没有任何能力控制。他虽然名为各军的总指挥，但实际上除了他手下的凤翔军，根本无法节制其他藩镇的军队。

这时，黄色的旗帜重新出现在了长安城。退出长安后屯兵于灞上的黄巢打听到城中官军的乱象，再次率军大举入城，从各个城门分别进入。

长安城的各个坊市，成了唐军与“齐军”短兵相接的战场，他们在城门下交战，在街坊间交战，在菜市场交战。官军士兵由于抢劫物资太多，人人身上重得走不动路，被“齐军”毫无预兆地杀了个回马枪，最终被杀得大败。混乱之中，官军向城门逃去，却挤成一团，根本来不及逃走。绝大多数的唐军都死在混乱的踩踏中，唐将程宗楚等人也在乱军中被杀。

不少唐军化装成普通百姓，躲入了民宅里。黄巢痛恨城中百姓协助唐军，于是下令“洗城”，凡是长得像唐军将士的，格杀勿论。

一片哀嚎声中，长安城再度血流成河。

唐军反攻长安的作战失败了，郑畋也在不久之后被迫将凤翔军权交给逼宫夺权的凤翔司马李昌言，离开了关中，不久之后郁郁而终。