倭国，也就是日本，其统治者也是扶余人的后代。“倭”这个国号，虽然如今听起来不雅，但确实不算是中央王朝对他们的蔑称，而是日本人自己所立的国号。此时的倭国，定都于飞鸟城，进入了所谓的“飞鸟时代”。到了唐代贞观年间，中大兄皇子把持了朝政，迁都难波城（今大阪市），开启了一场大化改新，模仿着海那边的大唐，一样建立起了一套律令制度，还有自上而下的中央集权体制。
倭国从圣德太子的时代以来，逐渐占领了日本列岛的各个地区，还不间断地征讨北边的虾夷和肃慎，从一个偏僻之地的岛国一跃成了东北亚除大唐以外数一数二的大国。甚至当初隋朝时，在给隋炀帝的国书上骄傲地写出：“日出处天子向日没处天子问安”这样的话来，引得隋炀帝不快。因此，他们反倒藐视起了朝鲜半岛的扶余人亲戚建立的高句丽、百济和三韩人建立的新罗，开始要求他们朝见天皇，建立自己的朝贡体系来。
在倭国统治者眼里，百济是自己的小弟，是大倭国的势力范围，百济的王子扶余丰就在倭国做质子。此时大唐冷不防闪电突袭，像是出海捕个鱼一样，把百济国君臣们捕到了洛阳，倭人没有反应过来，百济国便灭亡了。这件事情换谁，谁都受不了。虽然大家都知道大唐很强，但倭人不相信他们可以不按规矩出牌（说白了，就是不愿意承认大唐作为天下共主的地位）。百济的局势，牵扯了倭国太多的利益，所以必须要干涉。
龙朔元年（公元661年），孝德天皇去世，中大兄皇子掌权，并在几年后成为天智天皇。这一年，倭国作出决定，全面介入百济国局势，并出钱出力，出兵五千人，大力支持留在倭国为质的扶余丰回到百济，继位为百济王。
而百济境内的局势，这一年也发生了变化。
上一年，苏定方带着百济义慈王，以及王族、臣僚还有一万两千百济军民，率领主力军返回大唐，留下了郎将刘仁愿率领一万人留守在泗沘城。苏定方人虽然走了，但是影响仍在，而且是极为恶劣的影响。
当年平定东突厥之战时，苏定方率领敢死前锋在铁山大破颉利可汗牙帐，却因为纵兵大肆劫掠，受到了严厉的问责。太宗在位期间，苏定方也因为劫掠的原因而被雪藏。这其实也是苏定方的视野所限，他是一个纯粹的军人，从来都是用精准冷酷的计算，来实现军事效果的最大化。他的几场仗打得都极为艰苦，如果不让士兵们放松一下的话，估计以后就没有人再愿意奋力杀敌了。所以苏定方的劫掠都是从军事角度出发，从来不考虑政治因素。
闪击百济的这场行动也是如此，从熊津江口登陆，到攻破熊津城，整个军事行动节奏紧张，全军都处在高度压力逼迫之下，因此苏定方选择在胜利之后放纵劫掠，以此犒赏麾下的将士们。
而这样一犒赏，就出了问题。唐军烧杀抢掠，直接把百济人逼到了自己的对立面上。百济国原来的达率兼郡将黑齿常之（相当于州刺史），是极为出色的军人，原本见百济举国投降，也放弃了抵抗准备投降，结果苏定方纵兵劫掠之后，黑齿常之便改了主意，与手下十多人逃归本部，收集逃亡失散的士卒，齐心协力保守任存山，十天之内纠集了三万人马，武装阻止唐军骚扰附近的城池。
如果局势发展到这里，那唐廷只需要制止唐军的劫掠，并派善于治理的文臣好好处理就是了。唐廷事实上也是这么做的，并且还按照治理西域、漠北的方式，委派百济当地的酋长、城主继续担任都督府的都督和羁縻州的刺史。这样一来百济就能从一开始的混乱里平静下来，在大唐的领导下好好自治，当地贵族、百姓也能继续安安稳稳地生活。
但是，百济问题是一个国际问题，唐廷在百济动了倭国的蛋糕，倭国怎么能答应？
留守在周留城（今韩国扶安）的义慈王的侄子扶余福信，在倭国的支持下，与僧人道琛公开对抗起了唐朝，迎立留在倭国的扶余丰为新的百济王。在倭国出兵武装支持之下，福信也发展得越来越壮大。那些原本投降唐廷的城池，都慢慢转而归附于扶余福信。两百七十多座城池，超过两百座都已经被百济人在倭国的支持下重新收复。
扶余福信野心勃勃，倭国送来的扶余丰只是扶余福信的傀儡，真正的大权全由福信掌握。北面有高句丽的支持，南边有倭国的援军登陆，泗沘城的刘仁愿，渐渐地被百济人的大军围了起来。
短短一年不到的时间，由于唐廷在百济处置失当，导致百济复国势力越来越强，泗沘城中的唐军已经到了生死关头。
所幸，唐廷在此时派来了刘仁轨。
刘仁轨本是文臣，从县令一步步做到了给事中，但由于得罪了宰相李义府，在显庆四年（公元659年）被贬为青州刺史，然后又获罪免职为平民。直到原本被派来百济担任熊津都督的王文度在路上病死，实在没有别的人可以用，这才勉强任命刘仁轨为“检校带方州刺史”，代替王文度统帅百济驻军。
检校，也就是职务较低的官员临时被任命为更高的差遣官。刘仁轨是平民之身，只能勉强提拔上来管一管军政大事了。
而担任指挥官的刘仁轨，迅速整顿士气低落的唐军，带领这一万人，再加上七千新罗军士，到处转战，击破了各路复国的百济义军。
百济已经成为大唐与高句丽、倭人角逐的战场。高句丽暂时因为要全神贯注应对辽东来犯的唐军，自顾不暇，百济这一两万人的唐军，主要由倭军和百济义军合力应对。扶余福信手下有数万人，百济大将黑齿常之有三万人，再加上护送扶余丰回百济的倭军五千人，几倍于唐军的兵力向着泗沘城怼了上去。百济军还封锁了熊津江，建立栅栏，试图将泗沘城的唐军、新罗军封锁在城里。面对这一局势，刘仁轨果断出击，水陆并进，在新罗军的配合之下大破百济的封锁，百济军士兵战死、溺死的有万余人。
这场仗打得漂亮，但唐军兵力有限，仍然没有扭转不利局面。而应唐廷要求前来策应的援军在半途中被扶余福信率军击败，新罗人不敢再来救援，战局不免陷入了胶着。
此时，大唐已经又一次向着高句丽进发。辽东道行军总管契苾何力率军抵达高句丽边境，从鸭绿江过江，却遭到了渊盖苏文的儿子渊男生（这位兄台的名字就叫“男生”）数万精兵的还击。九月的鸭绿江，江面已经冰冻，契苾何力率领部下踏着冰面渡江，一战击穿了高句丽人的鸭绿江防线，一直追杀了数十里，斩首三万人，其余高句丽精兵几乎全部投降。