清妖派内阁学士胜保为统管黄淮军务的钦差大臣，会同汕东巡抚崇恩等地方官吏，督兵赶到淮安府的黄河边上的清河县，为了攻击讨虏军，清妖竟然不顾淮安的清江浦至板闸、杨家庙集和淮安府城这段运河沿线一带，聚集有近六十万人口，悍然决口黄河，水淹整个淮安府一带的水系。

幸好，运河与黄河相通，板闸过后才，黄河之水才开始汹涌而下，冲入淮安城及各处密布的河网。尽管有板闸的阻挡限制，但毕竟是黄河之水决口，哪怕是小决口，依旧将本就低洼的整个淮安城区一带淹没。

幸而有少量甲十师的水师和太平军水师黎振辉一部的大量船只，讨虏军将士损失不是太惨，但仍旧让乙三师和乙六师被洪水吞没近一千五百余人，军粮和沿途的俘获财物更是悉数被洪水冲走。

最为惨烈的是淮安府城外、运河沿岸的城镇、村庄里的百姓，有上十万人家园被毁，上万人被洪水冲走，数千浮尸水面，而淮安府城内，幸得城墙阻挡，水势上升较慢，但也死伤数千人。一时间，整个淮安府一带，尸横遍野，处处哭声。而且，最关键的是，粮食没了，洪水退去之后，马上便面临着饥荒和瘟疫，只怕到时死的人还要更多。

清妖的这一决口，确实达到了他们的目的，讨虏军无力再继续北上进军了。而淮安府知府恒廉率亲信逃窜，山阳县知县顾思尧率领乡绅百姓开淮安城投降讨虏军。虽然是不费吹灰之力地占领了淮安府城，但也接过了一个巨大的包袱。

不过，讨虏军在以林启荣为首的将领率领下，组织营救。数百船只四处搭救落难百姓，并将城中被淹百姓移往高处。

幸好，山阳知县顾思尧倒算为民的清官，对于清廷如此做派，不顾百姓故意决口黄河，异常失望，又看见讨虏军将士对待百姓甚是关爱，便率领乡勇，配合讨虏军将士，维护城内治安，积极安抚、营救百姓。

淮安府一带在四年前便发生过一次黄河自然决口，当时洪泽湖、六塘河大溢，洪泽湖最高水位也让淮安城进水，而咸丰二年开始，淮北大旱，运河断流，沟塘无水，地表开裂，遍野如焚。淮河流域又遭蝗灾，飞蝗蔽日，黑压压，乌沉沉，滚作隐雷，过境处齿噬牙咬，禾苗草木俱尽。

遭灾后的淮安，直到现在还没恢复过来，又遇此次洪灾，众百姓本以为没了活路，不想在讨虏军的积极赈灾下，甚至将军中的兵粮也拿了一半出来赈灾，活人无数，让淮安一带的百姓活命无数。

于是乎，乡野间奔走相告，人人愤怒清廷的残暴罪恶，称道圣国的宽厚仁慈，善待百姓，一时间，讨虏军声势大振，乡民向讨虏军提供满清的情报，各地驻防塘汛哨兵，被乡民俘获扣押，交送讨虏军处理。

待洪水退去，驻留在淮安府城一带半个月的讨虏军，加入了二万余名山阳青壮充当勇壮胁从军，一路随行，往北征战。

林启荣等率讨虏军将士从洪泽湖和运河两路杀出，进入黄河，将胜保率领的一万不到的清兵杀得大败。在淮安周边百姓的拥护支持下，讨虏军兵分两路，分别沿黄河和京杭大运河西进北上，进军神速，乙三师和万余太平军攻往徐州府城；乙六师和黎振辉水师加上山阳壮勇一路攻占宿迁、邳州，进入山东地界。

冯云山看完南方讨虏军将士的进军情况，一边大喜一边又为清妖的掘开黄河恼怒不已。

“咸丰、胜保，你们做此等生灵涂炭之事，真是自掘坟墓！”冯云山怒道。他是真的怒了，自己千方百计想要赶往黄河，为来年的黄河决口赈灾准备，满清倒好，竟然为了攻敌，人为地将黄河决口，此等天怒人怨之事，满清不灭亡才怪。

左宗棠也忿然道：“陛下悲天悯人，实为仁明之主。如今微臣才体会到陛下当初不顾一切要北伐攻占黄河一代的苦心。”