自此，嘉定内外，有血性的汉民被屠杀干净，剩下的都剃发易服，成了满清的顺民。

日后，亲身参与嘉定抗清的士人朱子素，将其亲眼目睹的清军暴行和满腔悲愤倾注于《嘉定乙酉纪事》中，言被屠之民，不下十万。

在嘉定抗清之时，与其紧临的吴淞地区，也发生了大规模的抗清起义。

夏完淳在清兵南下余杭之时，正好在松江老家，准备带家人一起南迁，但他们还未行动，杭州便已经被清军攻占，其父夏允彝于独松关战败自杀，其师陈子龙则败奔太湖。

夏允彝的殉国，使夏完淳满心悲愤，决定去太湖投奔陈子龙抗清，但时逢镇南伯黄蜚，吴淞总兵吴志葵，于吴淞之地起义兵抗清，夏完淳便前往投效，但义军先是在苏州中伏，副总兵鲁之屿惨遭伏杀，而后又于柳湖被清军击败，黄蜚、吴志葵遇害，夏完淳则只带几百残兵，逃到太湖。

吴淞之地，抗清义军，也随之失败。

徽州府，金声领兵与清军在丛山关血战，苦等援兵，但援兵却始终不来，时日一久，清军逐渐取得优势，加之汉贼黄澍伪装束发，服明衣冠，诈称率兵来援。金声不及细查，放他入关。

清军乘机里应外合，侵占丛山关，进而夺取了绩溪县，江天一领近千残兵，遁入山中，金声被俘，痛声呼曰：“徽民之守，吾使之；第执吾去，勿残民。”

不久后，徽州府城向清将张天福投降，而后黟县，祁门，婺源等地也先后投降。

石埭县的义军首领，吴应箕独木难支，遁入乘顶山中，但还是在清兵的追击下，受重伤而亡。

八月底，金声被压往南京，百姓沿途相送，在途径芜湖时，有徽州同乡迎送于路旁，大声呼道：“先生回来时，我等一定再来路旁恭候。”

闻语，带着镣铐金声却笑着回答：“再回来，我就一文不值了。”

这时，当年与金声同年中进士的洪承畴，听说他被押到南京，便有意劝他归降清庭，随将金声提到府邸，劝之曰：“多少臣子，今俱亡殁；公宜应天顺天，毋徒自苦也！”

“汝为朝廷大臣，不能死而反诱人耶？”金声却双目圆睁，大声怒斥道：“尔与吾乃同榜进士，同受皇恩，且先帝待尔之厚，赐尔九卿，加尔总督，今吾为抗清而死，尔却坐了胡夷之鹰犬，尔有何面目来见吾耶？又有何面目见先帝于九泉？”

洪承畴闻言，顿时气得不能发声，连忙让甲士将其押走。

时江南局势鼎沸，原本北返的清庭豫亲王多铎再次南下江南，平定义兵抗清，他闻金声被关押在南京，想起扬州城外，金声与王彦大破李率泰之事，觉得金声很有能力，便欲留之。