经与洪承畴商量后，多尼决定由他和固山额真宜尔德带领在滇满军一半留守昆明一带，固山额真卓罗带领另一半满军同吴三桂部往征元江。二月二十六日，清军进抵曲江驿，明总兵许名臣和龙赞扬见清军势大，便撤回元江。三初一日，清军重占石屏州；初九日到达元江，凭借优势兵力将该城包围。那嵩虽曾派兵出城劫营，被清军击退。

吴三桂命降将杨威到城下喊话，声称那嵩只要将郭之奇、高应凤、许名臣等永历朝官缚献，就可以仍旧当元江府土知府。郭之奇、许名臣见清军势大难敌，要求那嵩接受清方要求把自己交给清军处置，换取元江军民的安全。

那嵩毅然回答道：“吾等共事，岂以生死易心乎？”拒绝了吴三桂的要求。

吴三桂见那嵩矢志不移，又写信用箭射入明军营中，号召元江军民捆绑那嵩出降，否则屠城。

那嵩针锋相对地射书城外，备列三桂入关以来罪状，且署其衔曰：“山海关总兵吴三桂开拆”。

此信让吴三桂恼羞成怒，挥军奋力强攻，元江城破。那嵩、那焘父子合家登楼自焚，许名臣等人自杀，高应凤、孙应斗等被俘。大学士郭之奇则趁乱逃出，因南去之路被堵，遂往东边逃奔。

……

朱由榔、沐天波和其他朝廷随行人员进入缅甸以后到达蛮莫，当地缅甸土官思线前来迎接，永历帝赐给了金牌、缎帛厚礼。黔国公沐天波、华亭侯王惟华、东宫典玺太监李崇实三人头脑还比较清醒，他们认为把朝廷命运完全置于缅甸保护之下，万一缅甸当局态度发生变化，将带来难以预料的后果。

因此，几人经过商议后共同向永历帝提出建议：“此地属缅边，尚未深入。我等若将文武将士一半随大驾入缅，以一半导太子入茶山调度各营，即上在缅地亦有外援可恃。不然，深入夷穴，音耗内外不通，终于生困。”

永历帝觉得这个建议有道理，可以考虑。可是，中宫王皇后却舍不得爱子远离身边，坚持不肯让太子去茶山，此举遂作罢。因为不知道晋王虽在磨盘山战败，可同样也重创了清军，使得本就不愿赶尽杀绝的吴三桂得以名正言顺的停止了追击，永历帝朱由榔一心以为吴三桂马上也会越国境追杀而来，所以在离开蛮莫时即谕土官思线砍倒树木，阻塞道路。

思线既得此谕，就在车驾启行后，对关内外山箐搜括三天，碰上仓皇追驾的明朝官员一律加以拘捕，抄没随身财物，身强力壮者杀害于关前沟下，老弱者散给各土寨令其舂米，被折磨而死的即投入江中，销尸灭踪。

永历帝一行至八莫后，缅甸国王派了四艘客船来迎接。由于船只狭小，永历帝挑选随从官员六百四十六人扈从三宫由水道南下，其中有的官员还是自己出资雇买船只随行；剩下的九百多人由总兵潘世荣保护岷王世子等骑马走陆路，其中有文书房太监江国泰、刘九皋、刘衡、段然忠、翟国祯等十四人，文官朱蕴金等，武官温如珍、范存礼、姜承德、向鼎忠、高升等。

马吉翔、杨在等人拥簇着永历帝登上缅甸客船，此时不仅随从文武官还有不少人船只没有着落，连太后和东宫都没人料理。永历帝坐船开行后，太后大怒，说道：“皇帝此时未至颠沛，即不顾亲娘耶？”

朱由榔等才停泊了两天，到初六日水路人员草草准备就绪，陆续开船南下。一路上缅甸寨民供应物品，二十四日，缅甸国王请永历帝派两位大臣过舟讲话。

朱由榔派中府都督马雄飞、御史邬昌琦前往“宣谕南幸之意”。尽管永历朝廷仍以宗主国自居，事实上却是逃难而来，这点缅甸君臣自然非常清楚。为了避免礼节上难以处理得当，缅甸国王拒绝接见使者，只派汉人通事居间传达信息。

通事拿出大明神宗时颁给缅甸的敕书同马雄飞、邬昌琦带来的永历敕书相核对，发现所盖玉玺大小稍有出入，因此对永历朝廷的正统地位产生怀疑。这颗玉玺确是制式不对，是仓促间用金制成，原本那颗玉玺在昆明丢失了。