接下来整个虫群都产生惊人的变化，各种虫子和老鼠们的生命力爆炸，即使被别的动物咬下半截，有时候都能伤口自愈活下来。不过虫群不要废物，剩下半截的会被自家虫吃掉或被注射消化液。

前后花费几个月，蘑菇和小虫们扩散到数平方哩范围里，然后出现了初巢。

初巢是蓝星联合体给的一个学术名词，它也是第三模式里特有的阶段，分为两个部分，菌类群落和寄生藤蔓，其中寄生藤蔓会杀死并取代树木，菌类群落则依托这些寄生藤蔓蔓延。

初巢阶段是虫群变异效率最高的阶段，通过分离成动物、菌类、植物三个群落，最大限度榨取本地生态圈里存在的优质基因，这些优质基因现阶段大部分还用不到，用特殊的晶粒细胞将其储存在初巢里。

部分虫群会在该阶段开始向地下蔓延，不过眼前的群落位于湿地中，往下挖出来的都是水坑。

处巢发育到一定程度，出现了潘多拉幼虫第二阶段。

与之前的潘多拉幼虫不同，第二阶段体型变得很大，幼虫的平均体长在8吋到11吋之间，它们变态发育生产的生物，看起来和本地生物没太多区别。

这个时候，虫群进入情报搜集期，如果判断有能限制虫群进一步发育的生物，潘多拉幼虫第二阶段会变成真正的战士，“狗”。

“狗”是战士们的口头称呼，其学名叫潘多拉虫群初级群落战犬，作为潘多拉孢子自带的基因表中的一员，它的战斗力比自然进化的狼、狗强多了。

虫群本体自带的战斗型虫子，同时具备鳞片、脊椎和外骨骼特征。刚孵化的战犬体重约两磅，主要帮助清理初巢地区的各种小型草食动物，长大后才会对各种肉食动物下狠手。

初巢阶段的战犬，有记录的最大体型，体长3尺11吋，体重136磅，沙漠地带奔跑速度最高55哩每小时，咬合力640千克！

仅仅依赖战犬群，虫群在无人防守的状态下就有能力破坏混凝土工事。

初巢阶段还会产生一种奇怪的东西，叫潘多拉生态球，它是个直径只有三寸的小球体，里面有虫群发展到现在为止所有生物类型的卵和一枚潘多拉孢子，只有战犬才有资格带着它旅行。一般会被放在二十到五十哩的距离中，部分会被埋到地下。

虫群的危害就在于它们更替和扩张的速度飞快。

初巢出现的三十天内，小小虫群就会分布到上千百平方哩的地区。