父子两人回到江户城后，德川家光正式成为三代将军，秀忠隐居于西之丸。

德川家光则将住所迁到本丸。德川秀忠也德川家康一样，被称为大御所。将军和大御所一起治世，称作二元政治。九月，家光的婚约者，公卿鹰司信房的女儿鹰司孝子进入江户城，十二月时，两人正式成婚。当时家光二十岁，孝子二十二岁。

宽永三年，秀忠和家光领伊达政宗等多位大名上洛，在二条城拜见后水尾天皇和中宫和子，并升为左大臣。

德川家光和同父同母的长弟忠长并不亲，也不信任他，反而比较信任异母弟正之，母亲崇源院去世后，忠长出现乱性，父亲秀忠曾请求他饶过忠长，但他却说忠辉、忠直、忠长都没有好下场，后来忠长切腹自杀，德川家光十分懊悔。

宽永八年时德川秀忠去世，解除了二元政治，开始由将军亲自执政的政治。确立了老中、若年寄、奉行、大目付的制度，并将幕府的现职将军定为最高权力者。

宽永十二年修订武家诸法度，对诸侯施加参勤交代为义务的规定。垄断长崎贸易的利益，强化天主教压制，宽永十四年的岛原之乱，四年后完成了锁国政策。因为这些事情，德川幕府的一连串的强权政策被认为是“武断政治”。

大明崇祯十三年，虎贲卫大举登陆日本，并且势如破竹的打败了日本所有的抵抗力量。大明崇祯十三年六月初二，德川幕府第三代将军德川家光成为俘虏。

次日，德川家光暴卒在自己的将军府中。

德川家光走完了他那谁也无法真正说清楚的一生。

很快，他的儿子和女儿也都陆续的暴病身亡，德川一家灭绝。尽管在历史上有许多人都隐晦的指出了德川家的灭族是因为丁云毅的指使才会造成的结果，但是谁都没有证据。

甚至在德川家光死后，丁云毅还为他举办了一个还算里面的葬礼。

德川家光之死不过是丁云毅整顿日本的一个开始而已，而当武烈侯丁云毅出现在日本皇宫中的时候才是日本真正灾难的开始。

就和德川家光一样，明正天皇也是第一次见到大明朝的武烈侯丁云毅。

明正天皇似乎已经预料到了自己的命运，所以在丁云毅的面前她表现得还算平静。

“这样很好，很好。”丁云毅似乎对对方的态度非常满意：“命运已经已经决定，任何形式的反抗都是没有作用的。”

“你想要得到什么，就请说吧。”明正似乎显得有些疲惫：“只要能够保证我的子民不受伤害，我愿意接受你的任何要求。”