张角等人发现事情已经败露了，便即用各种方法星夜通知各方，立即起义。起义前，义军首先将抓获的贪官杀了祭天。起义时，张角军皆头裹黄巾（黄天的象征），时人称之“黄巾军”。起义后，张角依据《太平经》中关于“有天治、有地治、有人治，三气极，然后歧行万物治也”的理论，自称“天公将军”，其弟张宝自称地公将军，其弟张梁自称“人公将军”。

不出几天功夫，三十六方的黄巾军便开始了一系列攻打郡县，火烧官府，释放囚犯，没收官家的财物，开放粮仓，惩办赃官、土豪等的举动。不到十天的功夫，天下响应。青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八个州的郡守、刺史纷纷向京师告急，汉灵帝亦急的如同热锅上的蚂蚁。

经过协商，在临近洛阳的八个紧要的关口都设置了都尉，增加了洛阳的防御。朝廷也分派出两路军队去镇压起义的农民。

而这一切都和孙灿无关，虽然孙灿很想随军出战，但孙哲、刘华并没有同意。理由有二：孙哲是以孙灿的年龄还小为由；而刘华则是以学业并未精通来劝说的。

在刘华看来，“黄巾之乱”只是一个契机，是属于可有可无的，而真正的发家时刻却是在十八路诸侯讨董的时候。

孙灿面对父亲和恩师的劝说，也只能压下蠢蠢欲动的心情。除了陪伴太子刘辩学习以外，剩下的时间就只是学习兵法和武艺了。

在这期间，他也曾经多次寻找那位女子的下落，最后都是一无所获。为了减少对那位女子的思念，孙灿惟有将心全都放在了学习兵法上。

另一边，大汉军的首战并未得利，于同年四月，朱隽所统领的军队就被黄巾军波才的队伍所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才所率领的大军围困在城中，汉军人数较少，士气比较低落。

而汝南的黄巾军又在邵陵打败邵陵太守赵谦，广阳的黄巾军亦杀死了幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室所采取的动作而有败退的迹象，反而大有一统天下的气势。

同年五月，京师见皇甫嵩被围，便指派曹操率军救援，不过援军未到时，皇甫嵩便已心生一计，在傍晚时份吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围所生长的杂草，用火攻大破敌人，城上的军队亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军终获大胜。

六月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。

喜讯传至洛阳，洛阳上下一片欢腾。

洛阳皇城潜心殿中