转眼之间，局势又变。

……元兴二年十二月三日，桓玄即皇帝位于姑孰，改年号为永始。迁晋安帝于寻阳，封为平固王。

次年二月，镇守淮阳的刘裕经过周密部署后，联络北府兵将领刘毅、何无忌、刘昶、刘道规、诸葛长民等人正式起兵。

首先占领京口，斩徐州刺史桓脩；进攻广陵，杀青州刺史桓弘，随后率兵直扑建康，沿途又杀死前来抵抗的著名猛将吴甫之、皇甫敷。桓玄得知二将被杀，吓得魂不附体，急忙召来一些方士对刘裕等人施行巫术。并问众臣僚：“朕会失败吗？”曹靖之回答说：“神怒人怨，臣实在害怕。”桓玄又急又气，命桓谦、卞范之率兵二万出城御敌。刘裕率众奋击，此时，刘裕遂征江湖英杰，于淮阳、濠州、辽东三地举行比武大会，录用濠州优胜者，剑门弟子檀道济为郎中，仅三年升任右护军将军，桓谦诸军顷刻溃散。桓玄闻报，匆匆携带儿子桓昇、侄子桓濬，在几千亲信的护卫下，从南掖门仓惶出逃。路遇参军胡藩，胡藩劝他组织抵抗，桓玄一言不发，只顾用马鞭指天，意思是说“天亡我也！”然后策马疾驰，直奔石头城，乘船浮江西去……

刘裕一路摧枯拉朽将桓玄大军分而击之，逐步瓦解，曾投降桓玄的各地官员，也望风倒戈。

次年一月，桓玄再逃江陵城，人心惶惶，令不行，城内混乱。

桓玄走投无路，欲投汉中桓希。

深夜，乘船行至江陵城西的枚回洲。

毛祐之、费恬突然向桓玄开弓放箭，矢如雨下，幸臣丁仙期、万盖等人急忙用身子挡住，都被射死，桓玄受了轻伤。

益州都护冯迁抽刀砍来，桓玄从头上拔下一枚玉导送给他，心惊肉跳地质问“你是什么人？敢杀天子！”冯迁道“我杀天子的贼罢了！”说完，手起刀落，人头坠地。

与其桓玄一党同时被杀的还有桓石康、桓脩等人，桓昇被执，斩于江陵城。

……