可是徐道覆却不甘寂寞，一心要卷土重来。在广东的五六年时间里，徐道覆暗中操练兵马、打造军械，怂恿卢循北伐。相对应的是，北方的东晋实权逐渐落入刘裕的手中。刘裕掌权后的主要精力在北方，发动了多次北伐。徐道覆见刘裕远征在外，大军一时难以返回，觉得是东山再起的良机，便不征求卢循意见，在义熙六年（410年）二月从始兴北伐。卢循阻止不及，不得不参与行动。卢徐兵分两路，卢循攻长沙，徐道覆进入江西。

卢循的部队是“三吴旧贼，百战余勇”，在广东新招募的“始兴溪子，拳捷善斗”，战斗力很强，加上休养操练多年，北伐后势如破竹。东晋地方官闻风逃窜。江州刺史何无忌领兵迎敌，阵亡。卢循和徐道覆联军，逼近建康。建康人心惶惶。刘裕正在北伐南燕的前线，闻讯担心建康有失，只带几十名随从轻装返回建康指挥御敌。

刘裕赶到建康后，考虑到北伐的将士尚未返回而且刚刚经历大战，劳顿多病，因此主张消极防守。镇守姑孰的豫州刺史刘毅本是刘裕创业期的盟友，后来地位落在了刘裕的后面，渐渐与之不睦。他力主出兵迎击卢徐，企图借战功压过刘裕，进而夺权。刘裕从大局出发写信劝阻，又派人去面劝他暂缓出兵。刘毅铁了心要出兵，带上两万精兵和全副家当迎敌，结果在桑落洲一战被卢循杀得落花流水。几百艘大船和堆积如山的辎重都成了起义军的战利品。他本人历尽艰辛，才逃回建康。

刘毅这一败，大大损耗了东晋的有生力量。剩下建康的几千守军，要对抗十几万起义军。形势危如累卵。刘裕悬出重赏，招募建康百姓当兵，又动员民众修治石头城，集中兵力扼守石头城。敌我力量对比依然悬殊。

当年五月中旬，起义军包围建康，秦淮河入江口都出现了卢循的士兵。徐道覆主张烧毁舟舰，登陆猛攻建康各个城门，以示有进无退的决心。起义军占有优势，再破釜沉舟，也不失为鼓舞士气的妙计。如此重要关头，卢循还对前途没有信心，怕烧了船再战败了就无路可逃了，留着船还能留条后路。他主张暂缓攻城，采取围城的方式，寄希望于建康主动投降。卢循借口说：“从大势看来，建康不日自会溃乱。”他分兵攻掠周边各县。徐道覆无可奈何，悲叹道：“我终为卢公所误，大事将不成；我若能为英雄效劳，天下可定也！”起义军没有集中兵力对建康城发动猛烈攻势，零星的挑战都被刘裕遏制了。刘裕也勒令部将不准出城挑战，凡是违令出战失利的都被他斩首。建康城最终守住了。而卢循在建康周边的攻掠收获不大。相持到七月，起义军士气疲乏，卢循主动退到浔阳休整。

刘裕并没有追击卢循，还是派沈田子等带兵数千，从海路南下偷袭起义军的老巢广州。卢循北伐倾巢而出，留守广州的兵力微乎其微，很快被消灭。沈田子的数千晋军竟然攻占了广州，让起义军无家可归。消息传到长江前线，起义军军心动摇了。战争形势大变。

十月中旬，刘裕从建康出师，主动与起义军决战。卢循接连失利，徐道覆企图西进占领荆州，又在江陵为荆州刺史刘道规所败。年末，卢循、徐道覆带着几千残部退回岭南。

411年，刘裕派兵平定岭南。二月，徐道覆在始兴战败被杀。卢循反攻广州又为沈田子所败，逃往交州，在今天的越南河内附近被东晋的交州守军打败。卢循走投无路，毒死家人，然后学孙恩那样投水而死。他的死，标志着孙恩起义的最终结束。

孙恩首义的江南农民起义跨越了十多年，纵横半个中国，席卷数十万百姓，是魏晋南北朝时期规模最大的农民起义。起义重创了本已衰微的东晋朝廷，为实权人物的上台铺设了基础。这里说的实权人物，除了上文说的刘牢之、刘裕，还有作为长江三刺史联盟盟主的桓玄。</div>