后世有人猜测，秦琼在贞观朝并无太多功绩，可能是因为他没有参加玄武门之变，所以李世民将其“冷藏”，这种说法其实经不起推敲。

新旧两部唐史对于秦琼参与玄武门之变都有非常明确的记载。

《旧唐书·太宗本纪》记载：“六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”

《旧唐书·秦琼列传》，单独给秦琼立传，明确记载：“六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。”

这篇传记的传主便是秦琼，其中“从诛”二字前面省略掉的主语就是秦琼，后面那一句“事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户”，便是证明秦琼参与政变后因而获得升官封赏。

秦琼之所以在贞观朝没有太多露脸的机会，其原因便是因为他晚年身体不行，年轻时候冲阵厮杀勇猛无敌，受伤太多，身体遍布暗伤。

对此，在《旧唐书·秦琼列传》里也有明确记录，秦琼晚年对人说道：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”

早在前隋时期，秦琼便在来护儿、张须陀麾下从军，厮杀多年，每次对阵必是当先，充当冲锋陷阵的箭头，非常容易负伤，在战场上又得不到有效的医治，到了晚年，身体肯定不行了。

若是换做他人抢了领军出战的机会，程知节这混不吝的性子少不了要闹些情绪，但看到秦琼领命，程知节朗声笑道：“秦二哥出马，定叫那咄苾老贼栽个跟头”。

“玄龄拟旨，加秦琼为同州道行军总管，领绛州、慈州等人河东府兵，于同州合阳城整兵，截击突厥”，李世民当即下旨道。

另外一边，二十万突厥兵马浩浩荡荡的越过长城，突破代北防线，一路势如破竹，接连攻破延州、丹州，直抵合水北岸的梁山。

越过合水，便可兵临同州，正式进入大唐的京畿重地。

秦琼一路急行，率领长安的一千玄甲军，人马卸甲，一人两马，直奔同州，终于赶在突厥渡过合水之前抵达合阳城。

这一路行来，并没有遇到多少抵抗，便是威逼大唐京畿，突厥士卒气势高昂，在颉利可汗有意的散播下，突厥士卒都以为唐国内乱，已经无力抵抗。