故事的开端是工藤新一和毛利兰去游乐园，结果发现了黑衣组织的交易，他暗中跟踪结果被琴酒发现了，一棍子下去，又喂下了毒药aptx，工藤新一变小后穿着一身大人的衣服出现在阿笠博士家，之后便用江户川柯南的身份在毛利小五郎家里住了起来。

他现在就读帝丹小学，和他关系很好的还有几个小孩，分别是灰原哀、吉田步美、元谷光彦、小岛元太。

灰原哀原名宫野志保，在组织里代号雪莉，为了摆脱组织的控制，也服用了aptcx4869变小之后和柯南一起去上小学。

现在漫画更新到黑衣组织新的成员。

唐泽花夜好奇地看了看，竟然有她和波本刚结束的任务。

【这个是波本吧？他为什么出现在新干线里，果然新干线的炸弹就是他安装的对吧？】论坛开始讨论起来。

少年侦探团清晨也搭乘上新干线，并且隔着唐泽花夜他们不远。

唐泽花夜他们行动不多久之后，侦探少年团就开始玩寻宝游戏，他们很快就发现了列车上几个诡异的包裹，柯南发现这些包裹里面装着结构类似炸弹的东西。

柯南用自己的手机直接联系了高木，高木十分相信柯南的话，立刻将事情报告给目暮警官，警视厅派出了爆炸处理小组来处理现场的炸弹。

柯南则不断地注视着来往的人潮，试图找出隐藏在人群里面的酒，不过那时候唐泽花夜已经离开了。

【可恶的酒厂人，一天天的不做人事，到处杀.人放火，竟然将炸弹放在人群里。】

【我要是穿越到漫画里，就一定亲手将这些酒厂人全部捉拿归案。】

【有一说一，虽然琴酒和波本十分疯批，但是他们的脸，你们不爱吗，特别是波本，妈妈爱你！！！】

【不如把波本抓回去吧，公安组织将他囚.禁起来，不要放他出来祸害人间了，或者给我吧，祸害我一个就够了——】