而此刻在电影中，三人暂时摆脱了特工和警察的追击，电话铃声响起，墨菲斯率先离开矩阵，这个时候崔妮蒂想要对尼奥表白，却被经过的地铁打断，在她传离回到现实后，史密斯追了过来，开枪打烂了尼奥的电话，正反两派的大战终于到来了。

尼奥和史密斯各自向着对方冲去，双方都用上了枪斗术，但这与之前的枪斗术不同，两人的动作几乎都是面对面攻击，以差到毫厘的方式躲开对方射来的子弹，大量高速慢镜的使用，再次清晰的展示出了子弹的运动轨迹，充分让观众体会到其中的惊险刺激。

不过尼奥仍然是处于劣势，最后他利用冲来的地铁，险之又险的把史密斯送进了地铁的车轮下。

可就在尼奥想要离开地铁站的时候，地铁刹车，史密斯从车厢内走了出来，他所代表的特殊程序似乎永远都杀不死。

接下来就是一番惊险的追逃大战，尼奥面临着史密斯和另外两个特工的追击，惊险的抢到手机联系上气垫船，终于拿到了离开矩阵的电话地址。

但当他摆脱两名特工的追击，冲到酒店的房间前，救命的电话铃声刚刚响起，尼奥推开房间，迎来的却是史密斯特工的枪口。

枪声接连响起，史密斯几乎把尼奥射成了马蜂窝，仿佛这就是结尾，可电影中的主角总是拥有着光环的，所以崔妮蒂在“我爱你”的告白之后，在同样遭受危机的气垫船中，吻了现实世界中的尼奥。

尼奥紧接着复活，开启了救世主模式，史密斯三名特工射向他的子弹，被他轻易定格在了身前，紧跟着冲上来的史密斯根本不堪一击。

最终尼奥将代表史密斯的这段代码撕成了碎片，另外两名特工落荒而逃，尼奥也在千钧一发之刻，返回了现实世界。

“我知道你们在哪里，我能感受到你们，你们害怕了，你们怕我，你们怕改变……我要让所有人见证真实的世界！”

在影片的结尾，尼奥与母体进行了直接对话，然后一飞冲天！

字幕落下，掌声响起，伴随着观众们激动地叫喊，保罗和杜奇·查理曼对视一眼，两个人都知道这部影片成功了。