画面在赫拉克罗斯、比雕等一众宝可梦目送皮卡丘踏上离开山村的小路后暂时落幕。

电影的第二幕讲的是男女主的相遇，作为王国的公主胖丁有着可以通过歌声给人带来幸福的力量，但这并不能帮助它逃出邪恶的大嘴雀和拉达的追赶。

幸运的是皮卡丘恰好在这个时候出现，先是用钢铁尾巴挡下大嘴雀用羽毛舞绝招出的羽箭，随后有用电光一闪正面将拉达击退。

胖丁公主唱起祝福的歌曲给皮卡丘带来强大的力量，在公主的帮助下两人成功的打败了追兵，逃到森林之中，第二幕结束。

电影的第三幕，耿鬼终于正式出场。

作为电影里一个主要提供笑点的反差型角色，耿鬼的第一次出场是在村子的通缉令上，某个村子里的老婆婆大罐用牛悬赏耿鬼，因为它骗走了自己的孙女吉利蛋，

于是乎皮卡丘和胖丁就踏上了征讨耿鬼的道路，在一场精疲力尽的大战之后耿鬼终于被两人打败，被打败的耿鬼乖乖求饶并放出被‘绑架’的吉利蛋，原来耿鬼只是因为贪吃大罐婆婆的牛才想着骗走的孙女。

在bi)着耿鬼向大罐他们道歉之后，皮卡丘和胖丁继续前进，不过这一次耿鬼主动跟了上来表示要跟它们一起冒险，恶作剧的魔法师耿鬼加入队伍。

主角三人组集合之后它们又一起陆续解决了两三个小任务，此时电影的剧已经走到一半，是时候把故事的主线推出来了。

于是乎在接下来的一座城镇中，三人组看到了胖丁的通缉令，在一番误会与和解之后，有了两个同伴关心的胖丁终于说出了实，电影的主线正式出场，那就是打败邪恶的神官素力柏。

三人组悄悄的潜入王城，找到神官居住的地方准备发起偷袭，但神官早有准备召集手下将他们团团包围，关键时刻作为队伍里唯一的魔法师耿鬼出手骗过敌军让大家趁乱逃走，但耿鬼也因此受了重伤，只有传说中海外的神才能治好。

于是又是一系列的冒险，他们终于在海岛上找到了大海之神洛奇亚，洛奇亚表示想要救下耿鬼就要通过它的考验，然后又是一连串的艰难考验，他们终于打动了洛奇亚，耿鬼被救活，同时得到了神的嘉奖的他们获得了新的能力作为奖励。