三司会审结束之后，该杀的杀，该流放的流放，该撤职的撤职，几千颗人头落地，福王马士英谋逆案总算宣告结束。

在张书恒调查朱由枢、马士英谋逆案期间，南京和南京周围不少士绅也被锦衣卫抄了家，借口都是从逆。这其中大部分人是无辜的，经过三司会审之后释放，但是他们已经被锦衣卫刮走了大量银子。

接下来就是对内阁的任命，史可法被任命为兵部尚书、东阁大学士，内阁首辅；钱谦益被任命为武英殿大学士，吏部尚书，内阁次辅；卢象升被任命为左都御史，文渊殿大学士，内阁次辅。这样内阁就组建起来了。接下来是六部，张慎言为礼部尚书，从监狱里释放出来的何应瑞官复原职，担任工部尚书，李国栋推荐了孙元化的长子孙和鼎为工部左侍郎，宋应星为工部右侍郎，孙和鼎和宋应星都是实干的科学家，任命他们为工部左右侍郎有利于大明科技的提升。

虽然李国栋推荐了两个只有举人功名的人担任侍郎，遭到很多官员反对，但是崇祯顶着压力给准了，内阁的钱谦益和路振飞也通过了。

路振飞担任户部尚书，立下大功的方以智和张煌言都以举人身份担任了兵部左右侍郎。

高宏图被从监狱释放之后，撤销原吏部尚书一职，降级为光禄寺卿，

李国栋考虑到孙传庭的铁面无私，推荐他为刑部尚书。

户部尚书职务，由吕大器担任。

刘宗周从监狱释放之后，为太常寺卿，杨廷麟为大理寺卿，还有其他从监狱放出来的无罪官员，也给了相应的职务。

最后李国栋站出来：“陛下，既然史阁老已经升为内阁首辅，还请陛下撤去史阁老两淮督师一职，臣愿当然两淮督师，驻守扬州、淮安，替朝廷阻拦建奴大军！”

“岂有此理！”内阁首辅史可法气得脸色大变，“尔乃武将，岂可担任督师？督师只能是文官！”

“史阁老，李某堂堂一国公，难道就没有资格担任督师？”李国栋反驳道。

“楚国公，你手握重兵，岂可担任督师？这不合祖制！”史可法坚决不同意。

这时候，钱谦益站了出来：“陛下，请封楚国公为大将军，任大将军者，可为督师。”

大将军虽然也是武职，可是地位就高过文官了。之前封的公侯伯之类的勋爵，只是荣誉的象征，并无实权。虽然勋贵地位不输给文官，但文官看不起勋贵。但是大将军是实打实的实权，甚至可先斩后奏四品以下文官！