在他的建议下，朱棣整顿藩地，积蓄粮草兵马，实力一跃而成为诸王之中最为强大的。

洪武三十一年，太祖朱元璋驾崩，建文帝即位，听从齐泰、黄子澄等的建议，开始实行削藩之策。诸王之中周王、湘王、代王、齐王等接连获罪下狱，被废除了藩地。

形势日渐紧急，姚广孝急劝燕王朱棣准备起兵，朱棣还很犹豫，说道：“民心向彼，如之奈何？”

姚广孝斥道：“臣知天道，何论民心！”

由此令朱棣下定了起兵的决心。

次年六月，建文帝安插在燕王身边的人告发燕王谋反，建文帝密谋抓捕朱棣，铲除燕王一党，幸得当时负责北平城防的张信冒死密告，于是朱棣决定提前起兵，以“靖国难，清君侧”为名，发动了靖难之役。

临出兵之际，忽然狂风大作，将王府的檐瓦吹落，摔得粉碎。此为大不吉之兆，于是朱棣脸上变色，再度犹豫不决。

这时姚广孝奋而说道：“祥也。飞龙在天，从以风雨。瓦堕，将易黄也。”王府的青瓦掉下来摔碎，这是预示着殿下即将要用皇帝才能用的黄瓦了。

于是朱棣再无疑虑，留下姚广孝辅佐世子朱高炽留守北平，亲自率领大军出击。

同年十月，燕军主力进取大宁，建文军主帅李景隆乘机领军十万偷袭北平。

燕军回援不及，眼看北平城危急。北平城上下齐心，拼死抵抗。姚广孝更是献策，令兵士往城墙上浇水，天寒地冻，滴水成冰，整个北平城池变得如同一座冰城一般。

李景隆的军队面对滑不留手的冰墙进攻受阻，围困多时却难以攻破城池。

此时燕王朱棣带领军队回援，姚广孝又在夜间下令用绳索将兵士吊下城去，与燕王援军里应外合，大破李景隆的十万大军。

之后几年间，燕王的北军与建文帝的南军之间一直互有胜负，毕竟是以一隅敌全国之力，虽然朱棣屡次击败南军主帅李景隆，但自身消耗也很严重，道后来强弩之末，围困济南城三个月却难以破城。

其后更是在东昌大败，主将张玉战死即英国公张辅的父亲，张胖子的祖父，连朱棣自己也陷入重围，侥幸逃生。

此战之后，燕王军队士气低落，连朱棣自己也一度失去了信心，甚至想过与侄儿建文帝议和。

而姚广孝却坚定的主张燕王朱棣应该继续进攻，在他的极力劝谏下，朱棣重新鼓起勇气，再度出兵，大败南军主将盛庸，并且接连取得了淝水、灵璧之战的胜利。

这时姚广孝派人给朱棣送信，告诉他切记不可在乎一城一地的得失，而应该集中兵力，直取南京，南京守卫薄弱，势必成功。

朱棣采纳了姚广孝之策，连胜之后不去攻打城池，而是全军急速向着京师进发，终于在洪武三十五年即建文四年，朱棣称帝之后宣布建文帝非法，废除其年号，仍然沿用洪武的年号，燕王大军渡过长江，进入南京。

建文帝一说失踪，靖难之役终于以朱棣的全面胜利而结束。

纵观这个靖难之役，姚广孝的影子一直贯穿始终，起到了至关重要的作用。这场战争不仅仅是朱棣的胜利，更是他姚广孝的胜利。：，，.