部分虫群会在该阶段开始向地下蔓延，不过眼前的群落位于湿地中，往下挖出来的都是水坑。

处巢发育到一定程度，出现了潘多拉幼虫第二阶段。

与之前的潘多拉幼虫不同，第二阶段体型变得很大，幼虫的平均体长在8吋到11吋之间，它们变态发育生产的生物，看起来和本地生物没太多区别。

这个时候，虫群进入情报搜集期，如果判断有能限制虫群进一步发育的生物，潘多拉幼虫第二阶段会变成真正的战士，“狗”。

“狗”是战士们的口头称呼，其学名叫潘多拉虫群初级群落战犬，作为潘多拉孢子自带的基因表中的一员，它的战斗力比自然进化的狼、狗强多了。

虫群本体自带的战斗型虫子，同时具备鳞片、脊椎和外骨骼特征。刚孵化的战犬体重约两磅，主要帮助清理初巢地区的各种小型草食动物，长大后才会对各种肉食动物下狠手。

初巢阶段的战犬，有记录的最大体型，体长3尺11吋，体重136磅，沙漠地带奔跑速度最高55哩每小时，咬合力640千克！

仅仅依赖战犬群，虫群在无人防守的状态下就有能力破坏混凝土工事。

初巢阶段还会产生一种奇怪的东西，叫潘多拉生态球，它是个直径只有三寸的小球体，里面有虫群发展到现在为止所有生物类型的卵和一枚潘多拉孢子，只有战犬才有资格带着它旅行。一般会被放在二十到五十哩的距离中，部分会被埋到地下。

虫群的危害就在于它们更替和扩张的速度飞快。

初巢出现的三十天内，小小虫群就会分布到上千百平方哩的地区。

当特定的信息素达到一定浓度，虫群终于要开始动真格的。

根据研究，这种信息素只代表该阶段虫群的食物搜集能力，通过压制信息素，其实能够抑制虫群进入下一阶段，但是想要在行星上检测每个地点的信息素、生物群落状态，投入的人力和设备量太大，以一个师规模的前哨站为单位，最多能保证一两百哩内不出现更高阶的群落。

世界门开启的第两百天，初巢完成原始积累，一只幸运的第二阶段潘多拉幼虫抱着一团菌丝进入变态进化，形成虫群科技塔——基因融合池。