而后，细川胜元从领地四国的九个国家集结兵力，令赤松政则从播磨进攻山名持丰的领地。

不仅如此，细川胜元和山名持丰阵营的人在京都也爆发了激烈的冲突，幕府将军足利义仁曾经尝试调停但最终失败。

细川胜元方面有斯波义敏、畠山政长、赤松政则、京极持清等，大本营在将军驻地幕府，称东军。

山名持丰方面有斯波义廉、畠山义就、一色义直、六角高赖等，大本营在幕府以西的山名持丰邸，称西军。

由倭国的北陆到信越、东海、九州筑前、丰后、豊前的大半、关东地方、东北以及九州部份地区的大名都卷入了其中。

最初，号称官军的东军将西军从内里和花的御所周边驱逐，不过西军很快就集结兵力与那个对，两军展开了激烈的战斗，最终不分胜负。

此后京都地区的战斗进入胶着状态，战乱逐渐波及地方。

战争中，东军控制幕府将军足利义仁、后土御门天皇和后花园上皇，西军则控制义视和南朝的后龟山天皇之重孙，双方均以自己为正统，称对方为贼军。

后来发生了一件大事，依附于细川胜元的足利义元突然离开东军并逃到伊势国投靠北畠教具。

足利义元之所以离开的原因是担任足利义元和足利义仁的细川胜元倾向于废足利义元继承人的地位而立足利义尚为将军，没有履行把将军职位让位给足利义元的承诺。

足利义元在伊势国待了一段时间，后来在细川胜元和足利义仁的游说下返回东军，但又再次逃走到比睿山。

这给了西军一个机会，西军热烈欢迎被拥戴为“新将军”的足利义元，以与东军对抗，使得战斗更加复杂。

长期的战乱以与盗贼横行使京都市街地荒废，由于地方守护大名的介入使战线拉长，这导致东、西军的厌战气氛增大。

在李云天看来，这场东、西军之间的战斗意味着倭国旧势力的没落以及新兴势力的抬头，从镰仓时代后期开始，以名门武家、公家为首的旧势力不断被随生产力上升而壮大的国人、商人农民等取代已有权益。

由守护大名合议制组成的联合政权室町幕府中，除了三代将军足利义满以外，刚成立时将军的权力基础都十分脆弱，同时守护大名也自身难保，他们的权力渐渐受到守护代或有力家臣强大的影响。

这种称为下克上的效应不断在全国扩散，守护大名们转化为战国大名，日本的室町时代步入战乱期，迎来了倭国的战国时代，残存下来的庄园制度等旧制度开始迅速崩坏、持新的价值观的势力开始登场。

在那个时候由长子继承家督政权的体制因种种原因并未完全确立，这就是将军家守护大名家为了争夺家督而发生的“御家骚动”的原因。