十几年后，已是大叔的五右卫门在一次偷窃中偷到了一个盒子，当时正在做散财童子，对盒子的秘密一点都不知情的他毫不在意的把盒子扔掉，这件事开启了整个剧情。

接下来的剧情就是五右卫门加另外两方势力追盒子抢盒子，最终主角发现了盒子的秘密，一张地图、跟着地图找到了潜藏着的秘密，一张盟约书，上面刻印有杀死织田信长的明智光秀家族的家徽和信长的家臣羽柴家的家徽，羽柴家的家主就是后来继承了织田信长大业的丰臣秀吉。

得知杀死自己老大的仇人居然欺瞒了整个世界，顶了老大的位还逍遥快活了这么多年，忠于信长的五右卫门爆发了！

偷了同伴猿飞佐助的小太刀重回刺客诡道，之身潜入丰臣秀吉的宫殿，找到了丰臣秀吉后毫无怜悯之心的发动暗影突袭，一刀捅进了丰臣秀吉的腰子，然后再接一招割喉之战，把他斩草除根的咔嚓掉。

给老大报完仇后自信回头，逃跑的时候居然撞上了自己年轻时的暗恋对象，信长的侄女茶茶，接着就震惊的发现自己居然日了个假猴！？

不、影武者，不、说假猴也没错，这个丰臣秀吉的外号还真是猴子，且这外号还是自家老大信长给取的。

总之就是五右卫门上头了，reaqw一套技能一秒内全打在了假猴上，那时、主角是崩溃的，脑袋里仿佛全成了酱油，连一个提着加特林的大汉走到自己屁股后面了都不知道，给照脸轰了一发终极爆弹当场就飞出城外摔进了护城河里。

要不是有主角气运罩着当场就得跪，要是没有儿时基友才藏及时救驾也得跪。

接着就是基友才藏劝解五右卫门放弃仇恨，天下终于安稳了，你把龙头老大宰了天下又要乱，你就舍小家，为大家好吗？

五右卫门想道哎哟对哦，我老大的愿望也是天下一统，现在已经一统了，我再去把它打乱不就很对不起老大，可是转头一想，老大的仇也要报啊，不报对不起老大，于是主角就怀着这种矛盾的心理提着老大的刀前往丰臣秀吉的位置。

一路上脑子全是报仇，老大的愿望，报仇，老大的愿望，搞得五右卫门都要精神崩溃了。

而此时另一条线出现了，五右卫门的基友才藏回家后惊恐的发现自己效忠的雇主石田三成居然找到了自己藏妻儿的地方，然后挟持了妻儿命令自己去杀丰臣秀吉，还说杀掉以后就给好处、封为武士。

沃日乐狗，我上一秒还在劝我基友不要去杀丰臣秀吉，下一秒我老大就逼我去杀丰臣秀吉，此时才藏也是崩溃的。

你为什么不早说！

然后场景来到丰臣秀吉发起的一次远征高丽即将出发的战船上，才藏召集伙伴迅速袭杀丰臣秀吉，这是一次成功的袭杀，超级忍者的操作在这场战斗里展示的淋漓尽致。

除了丰臣秀吉没死和才藏被自己雇主石田三成卖了这两件事，其他都是很成功的。

这个世界上谁都不会想到一个人被吊起来长达三分钟都可以不死，而且是从地上被猛拽到船桅顶部，这样脖子都不断，猴子是真的硬！又硬血条又长！肉猴子！

才藏的雇主石田三成此时也是崩溃的，你早说你这么硬我就不着急杀我队友了，现在只能威胁还没死的才藏‘想要你的妻儿活命就给我把嘴闭上’、以保全自己。

接着后悔全程看戏的主角不顾伙伴的阻拦强行去救基友才藏，救完后才藏老婆就很准时的被杀了，儿子也被抱走了，留下话语威胁才藏不自首连你儿子一起杀。