朱由崧得知此事之后，坐立不安，令太监李继周往浙江一探究竟，并派遣内官持御札宣召，将一个少年带回安置在太平门内的兴善寺。

少年被接到金陵之后，朱由崧又派二名太监前去辨识，二名太监见到这位少年，就抱头恸哭，并解下衣衫为其御寒，随即禀报朱由菘，所见之人确实是太子朱慈烺，并且把相见的情景也向朱由菘禀报了。

朱由崧听闻大怒：“真假未辩，何得便尔。”

二名太监指天发誓，所见之人的确是真太子，朱由检不由分说，将二名太监灭口，又迁怒于李继周，把他也一同抹了脖子。

随后，朱由菘又假惺惺地面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”

接着就下令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视真伪。

有了前车之鉴，前去辨认的官员众口一词，说这个太子是假冒的。

此时金陵的文武百官听闻此事，纷纷赶赴兴善寺，“踊跃趋谒”，朱由崧只得将假太子交付锦衣卫冯可宗处看管。

这件事直接牵涉到朱由菘皇位的合法性，对朱由崧继统不满的人乘机兴风作浪，散布流言蜚语，朝堂上掀起了一片喧哗。

朱由菘越说太子是假的，越疑其真的大臣就越多，这件事还引起了江防督抚袁继咸、广昌伯刘良佐等大臣上疏抗争的后果。

而“童妃案”更是把朱由菘的金陵小朝廷推向了深渊。