清兵的残暴，接连两次，将嘉定城内的士民杀绝，但城外的乡民，却再一次聚集起来，纷纷赶往嘉定，他们会同总兵吴之番，攻入嘉定，第三次打起抗清义旗，但乡民毕竟不是军队，他们大多未经过作战训练，很快就溃不成军，清军第三次攻入嘉定，总兵吴之番战死，清兵再次屠城，谓之嘉定三屠。

自此，嘉定内外，有血性的汉民被屠杀干净，剩下的都剃发易服，成了满清的顺民。

日后，亲身参与嘉定抗清的士人朱子素，将其亲眼目睹的清军暴行和满腔悲愤倾注于《嘉定乙酉纪事》中，言被屠之民，不下十万。

在嘉定抗清之时，与其紧临的吴淞地区，也发生了大规模的抗清起义。

夏完淳在清兵南下余杭之时，正好在松江老家，准备带家人一起南迁，但他们还未行动，杭州便已经被清军攻占，其父夏允彝于独松关战败自杀，其师陈子龙则败奔太湖。

夏允彝的殉国，使夏完淳满心悲愤，决定去太湖投奔陈子龙抗清，但时逢镇南伯黄蜚，吴淞总兵吴志葵，于吴淞之地起义兵抗清，夏完淳便前往投效，但义军先是在苏州中伏，副总兵鲁之屿惨遭伏杀，而后又于柳湖被清军击败，黄蜚、吴志葵遇害，夏完淳则只带几百残兵，逃到太湖。

吴淞之地，抗清义军，也随之失败。

徽州府，金声领兵与清军在丛山关血战，苦等援兵，但援兵却始终不来，时日一久，清军逐渐取得优势，加之汉贼黄澍伪装束发，服明衣冠，诈称率兵来援。金声不及细查，放他入关。

清军乘机里应外合，侵占丛山关，进而夺取了绩溪县，江天一领近千残兵，遁入山中，金声被俘，痛声呼曰：“徽民之守，吾使之；第执吾去，勿残民。”

不久后，徽州府城向清将张天福投降，而后黟县，祁门，婺源等地也先后投降。

石埭县的义军首领，吴应箕独木难支，遁入乘顶山中，但还是在清兵的追击下，受重伤而亡。