那为何如此庞然大物，怎么在甲申之变后，便在无功绩，仿佛烟消云散一般呢？

这则是因为北都覆灭时，锦衣卫亦守重创也。

锦衣卫首先是一个特殊的军事组织，虽说是皇帝直接掌握的，有其特殊性，但仍改变不了其军事性。

在甲申之变的情况下，锦衣卫首先是上前线，守卫城门，大部分人在守城时就已经战死了。

这一点，历史上可考的便有锦衣卫官指挥同知李若琏，奉命分守崇文门，城破自杀而亡。

主官都死了，手下人马的死伤，便可想而知。

锦衣卫佥事王世德，城破之后，其妻魏氏先把自己的女儿扔下井，又抱着侄女跳井而死，全家妇女死者十七人，但其抽刀自刎时，却被忠心老仆夺去，最后南渡于江淮一带，时弘光朝大兴顺案，随不得用，于宝应县隐居下来。

李闯进京后，又有大批锦衣卫官员先后被拷问至死，或者自杀而亡，被拷死者有，西司房提督孙光，西司房堂上指挥刘应袭、马国瑊、齐昌国，北镇抚司理刑指挥梁清宏等等人等，自杀者，有千户高文彩同其子，杀掉全家后，自杀而亡，百户周谋，蒋之鄂等人亦自刎而死。

北都覆灭，使得锦衣卫犹如人被摘去大脑，虽还有遍布全国的密探，却以如瘫痪在床之人，有手足，却不能动也。

对锦衣卫打击更为严重的是，各种密谍文书，身份凭证，或被焚毁，或落入大顺和清庭之手，特别是掌握诸多机密的指挥使骆养性，堂上指挥王鹏翀、乔可用等首脑降清，使得继续效忠大明的锦衣卫毫无秘密可言。

清庭入关后，对锦衣卫又进行收编，将锦衣卫改名为銮仪卫，更使得庞大的锦衣卫几乎瓦解。（历史上清庭于顺治三年七月，废其缉捕等权。）\u000b弘光朝初立后，马士英之子马銮接任锦衣卫都指挥使一职，靠南京残存锦衣卫势力，重建锦衣卫，但也未得多少支持，始终无所作为，而随着芜湖一战，身为指挥使得马銮于乱军中下落不明，刚刚重建一年的锦衣卫再受重创。

这时随着两都俱陷，锦衣卫的所有资料文书全部丢失，同密谍的联系几乎全部断绝，就算再任命指挥使，也只是空名，无锦衣卫之实也。