在此书中，吴有性认为瘟疫并非是六淫之邪侵略，而是因为“疬气”所致。所谓疬气，是指天地之间存在的一种“异气”，用现代医学的解释，就是“病毒”。

而且，吴有性确认，疬气的传播途径就是经由人的口鼻进入人的体内，疬气的盛行是和地区、气候等有着密切关系。

吴有性还注意到，当传染病广为流传时，健康的人和患者接触之后，要隔若干天才会显现出这种疫病的争创，所以他认为疫邪到发病是有一段间隔的，也就是我们常说的“病毒潜伏期”。

对于治疗之法，吴有性也有自己独到的见解，他认为一种病只有一种药治疗，已经认识的同样的传染病不同体质的人会出现不同症状。

吴有性还提出：“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病。究其所伤不同，因其气各异也。”

“种属免疫”在现代医学之中是常识，但在当时要得出这样的结论非常不容易，吴有性为了证明自己的观点，去探访乡下，亲自去牛棚、猪圈和鸡舍之中实地考察，最终系统地写入了自己书中。

然而，吴有性的创新理论并没有得到广泛的认可，甚至被后来医学大家们视作“异类”。

清代的中医大师陈修园对《瘟疫论》如此评价：“创异说以欺人，切不可随波逐流。”

“这明清真是不缺什么就轻视什么，换做我大汉，这样厉害的名医当然得重视，朕愿意千金聘之！”

刘彻羡慕到想抢人，发出高薪挖墙脚的声音。

可惜，吴有性听不到。

但是大汉的名医是可以有机会听到的。

于是刘彻只能叹息一声，转向大汉：“颁布朕的旨意，朕千金聘名医，召天下名医入长安共商太医院和太医学校之事！”

大汉的医学人才，还是太少了。

可惜不能时空穿梭，不然能抢到手的名医太多了。

刘彻自言自语：“以朕千古一帝的名声，若是能去后世招揽名医，一定能招揽很多吧？”

大臣们：“……”

陛下对自己似乎有什么误解……

但是他们不敢说……

【我们学历史时，课本上评论清朝曾经有一句话不知道大家注意过没有：清朝是封建社会的巅峰时期，也是集大成时期。】

【这里的集大成，就包括各种文学、艺术，还有医学都是在对前朝进行总结，也就意味着，它的风气是保守派占据上风。】

【创新是需要冒险的，在一个文字狱高压到动不动因为一句诗抄家灭族的奴清，只去继承古人经典明显比创造新理论被人骂“异类”要安全。但这并不代表，“异类”真的是错误的。时间会证明，真理总是掌握在少数人手中。】

【多年之后，吴有性的观点被现代医学所证实，《瘟疫论》极大地推动了疫病学的发展，温病的辩证法论治体系不断完善，摆脱了伤寒理论的局限，诞生了中医学领域的新学科——温病学。】